Els orígens de la Universitat de Lleida es troben en l'antic Estudi General, creat l'1 de setembre de 1300 mitjançant el privilegi fundacional atorgat pel rei Jaume II a petició dels estaments municipals. Prèviament, i a sol·licitud del rei, el papa Bonifaci VIII havia atorgat, l'1 d'abril de 1297, la butlla que aprovava la creació d'un estudi general en les terres del rei d'Aragó.

La incorporació de Lleida al món universitari a la darreria del segle XIII va implicar l'arribada d'estudiants dels territoris de la Corona d'Aragó i d'altres, així com de tota una població vinculada a les noves possibilitats culturals i econòmiques del nou centre: increment del comerç i la manufactura, especialment dels oficis relacionats amb el món del pergamí, el paper i el llibre. Així mateix, la Universitat convertia la ciutat en centre d'intercanvis i difusió de les idees i els avenços científics. D'altra banda, estudiants i professors formaven una comunitat dotada d'un barri específic amb llocs emblemàtics per a les celebracions solemnes, com la Catedral o l'església de Sant Martí, i distingida amb beneficis tributaris, immunitats i privilegis diversos.

L'Estudi General entrà en un període de declivi important a mitjan segle XVII, producte, entre altres causes, de les guerres entre França i Espanya; una decadència que continuaria fins al regnat de Felip V, ja al segle XVIII. En aquesta època, i un cop finalitzada la Guerra de Successió, els reformadors borbònics decidiren implantar un nou model d'universitat.  L'11 de maig de 1717 es fundà a Cervera, en agraïment al suport ofert per aquesta ciutat situada a uns setanta quilòmetres a l'est de Lleida, un nou centre universitari que unificava —i per tant tancava— la resta de centres del Principat de Catalunya. Pel que fa a l'Estudi General de Lleida, una reial cèdula del 9 d'octubre n'ordenava el tancament definitiu, després de 417 anys d'existència. Finia, així, la primera etapa de vida de la universitat catalana que ha desenvolupat l'activitat acadèmica durant un període de temps més llarg.

El 12 de desembre de 1991 el Parlament de Catalunya aprovà la Llei de creació de la Universitat de Lleida. La institució es constituïa a partir de tots els estudis universitaris de la ciutat de Lleida. El Dr. Víctor Siurana Zaragoza fou el president de la Comissió Gestora fins a l'elecció del Dr. Jaume Porta Casanellas com a rector el maig de 1993. El procés de constitució de la Universitat de Lleida va concloure el 27 d'octubre de 1994 amb l'aprovació dels Estatuts de la Universitat de Lleida pel Claustre Constituent.

Han estat rectors, del 1993 a 2003, el Dr. Jaume Porta Casanellas; del 2003 a 2011, el Dr. Joan Viñas Salas; del 2011 a 2019, el Dr. Roberto Fernández Díaz; i des del 2019 a l'actualitat, el Dr. Jaume Puy i Llorens.