Los orígenes de la Universidad de Lleida se encuentran en el antiguo Estudio General, creado el 1 de septiembre de 1300 mediante el privilegio fundacional otorgado por el rey Jaime II a petición de los estamentos municipales. Previamente, ya solicitud del rey, el papa Bonifacio VIII había otorgado, el 1 de abril de 1297, la bula que aprobaba la creación de un estudio general en las tierras del rey de Aragón.
La incorporación de Lleida al mundo universitario a finales del siglo XIII implicó la llegada de estudiantes de los territorios de la Corona de Aragón y de otros, así como de toda una población vinculada a las nuevas posibilidades culturales y económicas del nuevo centro: incremento del comercio y la manufactura, especialmente de los oficios relacionados con el mundo del pergamino, el papel y el libro. Asimismo, la Universidad convertía a la ciudad en centro de intercambios y difusión de las ideas y los avances científicos. Por otra parte, estudiantes y profesores formaban una comunidad dotada de un barrio específico con lugares emblemáticos para las celebraciones solemnes, como la Catedral o la iglesia de Sant Martí, y distinguida con beneficios tributarios, inmunidades y privilegios diversos.
El Estudi General entró en un período de declive importante a mediados del siglo XVII, producto, entre otras causas, de las guerras entre Francia y España; una decadencia que continuaría hasta el reinado de Felipe V, ya en el siglo XVIII. En esta época, y una vez finalizada la Guerra de Sucesión, los reformadores borbónicos decidieron implantar un nuevo modelo de universidad. El 11 de mayo de 1717 se fundó en Cervera, en agradecimiento al apoyo ofrecido por esta ciudad situada a unos setenta kilómetros al este de Lleida, un nuevo centro universitario que unificaba -y por tanto cerraba- el resto de centros del Principado de Cataluña. En cuanto al Estudio General de Lleida, una real cédula del 9 de octubre ordenaba su cierre definitivo, después de 417 años de existencia. Finía, así, la primera etapa de vida de la universidad catalana que ha desarrollado la actividad académica durante un período de tiempo más largo.
El 12 de diciembre de 1991 el Parlamento de Cataluña aprobó la Ley de creación de la Universidad de Lleida. La institución se constituía a partir de todos los estudios universitarios de la ciudad de Lérida. El dr. Víctor Siurana Zaragoza fue el presidente de la Comisión Gestora hasta la elección del dr. Jaume Porta Casanellas como rector en mayo de 1993. El proceso de constitución de la Universidad de Lleida concluyó el 27 de octubre de 1994 con la aprobación de los Estatutos de la Universidad de Lleida por el Claustro Constituyente.
Han sido rectores, de 1993 a 2003, el dr. Jaume Porta Casanellas; de 2003 a 2011, el dr. Joan Viñas Salas; de 2011 a 2019, el dr. Roberto Fernández Díaz; y desde 2019 a la actualidad, el dr. Jaume Puy y Llorens.
La lista de doctores honoris causa por la Universidad de Lleida incluye personalidades de la talla de Javier Pérez de Cuellar, Roc Pifarre, Joan Oró, Peter Ulmer, Marc Richelle, Eliane Vogel-Polsky, John Elliot, Alicia de Larrocha, Václav Havel, Jordi Sole Tura, Stanley M. Goldberg, Theodore H. Hsiao, etc.